विशेष सहायता कार्यक्रमको समग्र लक्ष्य दीर्घकालीन योजनाहरू तर्जुमा गरी विद्यार्थीहरूको शैक्षिक उपलब्धीमा सुधार ल्याउनु हो । यो कार्यक्रम गाउँपालिकाहरूसँग दरिलो समन्वय र सहकार्य गरी विद्यालय व्यवस्थापन समिति, अभिभावक-शिक्षक, शिक्षक र विद्यार्थीसँगको समन्वयमा विद्यालयहरूमा लागू गरिएको छ ।
विशेष सहायता कार्यक्रमले बालबालिकाको गुणस्तरीय शिक्षामा पहुँच बढाउने, शिक्षकहरूले कक्षामा शिक्षण सीपहरू प्रयोग गर्ने, विद्यालय व्यवस्थापन समितिका सदस्यहरू र अभिभावक-शिक्षक संघका सदस्यहरूको व्यवस्थाकिय क्षमतामा सुधार, विद्यालय, वडा र गाउँपालिकास्तरमा बालसंरक्षण सम्बन्धी संयन्त्रको सबलिकरण तथा विद्यालय पूर्वाधारहरूको सुधार गर्ने उद्देश्य लिएको छ ।